Aunque se cree que en sus cimientos pueden encontrarse restos íberos y romanos, la construcción del castillo tuvo lugar después de la llegada del Imperio almohade a la región en 1148. Su posición estratégica frente al avance de los Reinos Cristianos en la península ibérica lo convirtió en un punto clave para salvaguardar la Cora Cabra-Baena y controlar las rutas comerciales Norte-Sur. Tras ser conquistado por Fernando III de Castilla en 1240, el castillo adquirió gran relevancia como fortaleza fronteriza.
A lo largo de los siglos, el Castillo del Moral pasó por diversas manos, desde el Cabildo de Córdoba hasta la Orden de Santiago. En 1371 fue donado a Juan Martínez de Argote y posteriormente pasó a formar parte del linaje familiar de los Fernández de Córdoba. Durante las guerras contra el Reino nazarí de Granada, Lucena y su castillo desempeñaron un papel crucial, siendo escenario de importantes eventos como la Batalla de Lucena en 1483, donde se capturó al emir Boabdil.
Tras la conquista por los Reyes Católicos en 1492, el Castillo del Moral perdió su función defensiva y se convirtió en residencia de los marqueses de Comares y alcaides de los Donceles. En 1767 volvió a manos reales junto con su señorío. A lo largo del siglo XVII se realizaron modificaciones en su estructura, incluyendo la construcción de jardines y caballerizas que fueron posteriormente eliminados para dar paso al edificio de Correos y Telégrafos.
En 1926, el Ayuntamiento de Lucena adquirió el castillo y comenzaron las labores para su restauración y conservación como Bien de Interés Cultural. En 2001 se inauguró el Museo Arqueológico y Etnológico dentro del castillo, que cuenta con diez salas dedicadas a la historia y cultura local. El Castillo del Moral destaca por su torre octogonal donde estuvo prisionero Boabdil, así como por sus murallas defensivas y su impresionante Patio de Armas.