La ermita cuenta con una única nave rectangular, coronada por una armadura de madera con tirantes de lazo, que añade un toque rústico y tradicional a la estructura.
En el interior, destaca un magnífico retablo de madera policromada de finales del siglo XVIII, elaborado en un exquisito estilo rococó. Este retablo, con sus detalles coloridos y su fina artesanía, es una verdadera joya que capta la atención de todos los que visitan la ermita.
La fachada de la ermita ha sido modificada a lo largo de los años. En una restauración llevada a cabo a finales del siglo XX, se añadió una espadaña de ladrillo visto que contrasta con la luminosa y encalada apariencia original del edificio. Esta restauración también urbanizó el espacio frente a la ermita, conocido como "la era de Sanantón", transformando su uso agrario primitivo en un área más urbana y accesible, aunque no han quedado vestigios de su pasado agrícola.
La Ermita de San Antón no solo es un lugar de culto, sino también un símbolo de la adaptación y preservación del patrimonio cultural de Canillas de Albaida, fusionando elementos históricos con toques contemporáneos para seguir siendo un punto de referencia espiritual y cultural en la comunidad.