La iglesia original fue erigida a mediados del siglo XVI, pero sufrió una destrucción total durante la rebelión de los moriscos en 1570. En ese año turbulento, unos 500 soldados enviados a despoblar Sierra Bermeja comenzaron a saquear y capturar esclavos, desatando la furia de los moriscos. Pedro Bermúdez, jefe de los soldados, dejó a algunos de sus hombres al cuidado de mujeres, niños y ancianos en la iglesia. Los moriscos, en un acto de defensa desesperada, rodearon la iglesia, sacaron a los que estaban dentro y la incendiaron con los soldados atrapados en su interior.
La iglesia actual se levantó durante una significativa reconstrucción en el último tercio del siglo XVIII. Sin embargo, debido a la mala calidad de los materiales originales, fue necesario realizar nuevas restauraciones en 1791, probablemente en los contrafuertes. Desde entonces, la iglesia ha sido objeto de diversas obras de restauración, siendo las más importantes las llevadas a cabo en 1998.
El estilo arquitectónico de la iglesia es un hermoso ejemplo del Barroco académico y clasicista, con elementos mudéjares evidentes en la sencilla armadura de madera de la nave central. Esta combinación de estilos y su rica historia hacen de la Iglesia de San Pedro Mártir de Verona un punto de interés imprescindible para los visitantes de Genalguacil.