Sus orígenes se remontan a la época romana, donde se descubrieron restos arqueológicos en el patio de las Mujeres, incluyendo un lienzo de la muralla romana del siglo I, evidencia de la refundación llevada a cabo por el emperador Augusto. Este espacio también reveló un mosaico con peces, indicativo de su pasado como barrio portuario. Durante los siglos III y IV, se transformó en un área industrial, fortificada para resistir el aumento del caudal del río Guadalquivir. En el siglo V, se construyó un castellum tardoantiguo, integrado a la muralla existente, que resguardaba el puente romano y el puerto fluvial.
La época del Emirato de Córdoba vio la construcción del Alcázar andalusí, residencia real bajo el mandato de Abderramán II (822-852). Bajo el dominio almohade, se derribaron estructuras omeyas para levantar una nueva alcazaba, cuyos vestigios aún se pueden apreciar en el patio de Mujeres, como un muro de seis metros y una gran cloaca. En 2023, durante obras de accesibilidad, se descubrió un arco almohade, reafirmando la importancia de esta época en la arquitectura cordobesa.
Tras la conquista castellana en 1236, el Alcázar andalusí fue repartido entre diversos propietarios, incluyendo al rey Fernando III. En 1328, Alfonso XI inició la construcción de una nueva fortaleza, transformando el sitio en residencia real castellana. Durante este período, se erigieron la iglesia de San Agustín y los baños mudéjares, conocidos como baños de Doña Leonor. La fortaleza fue escenario de conflictos bélicos, como la Primera Guerra Civil Castellana y la Guerra por la sucesión de Enrique IV.
Los Reyes Católicos, últimos monarcas en residir en el Alcázar, dirigieron desde allí la campaña contra el Reino nazarí de Granada. Su estancia fue memorable, marcada por la aprehensión de la esposa del rey canario Fernando Guanarteme y del propio emir Boabdil. Isabel la Católica dio a luz a la futura reina de Portugal en sus dependencias. Sin embargo, el deterioro de los jardines se atribuye a la detención de la noria de la Albolafia por orden de Isabel, y la torre del Homenaje vio cómo Cristóbal Colón solicitaba financiación para su expedición en 1486.
Durante el período de la Santa Inquisición (1492-1812), luego de la campaña de Granada y la conclusión de las campañas contra los musulmanes en España, los Reyes Católicos cedieron el Alcázar a las autoridades eclesiásticas, quienes lo transformaron en el Tribunal del Santo Oficio, perdiendo así su función palaciega. Se llevaron a cabo varias obras para adaptar el edificio a su nuevo propósito, incluida la creación de celdas para los prisioneros, utilizando incluso los antiguos baños mudéjares, y la construcción de la capilla de la Inquisición en el siglo XVIII. Uno de los inquisidores más infames fue Diego Rodríguez de Lucero, quien ordenó la quema en la hoguera de 107 personas en un auto de fe en 1504; este evento provocó la indignación de la población, que invadió el Alcázar y liberó a más de 400 prisioneros. Lucero se vio obligado a huir hacia Sevilla para evitar ser linchado por la multitud.
Tras la abolición del Tribunal de la Inquisición por parte de las Cortes Constituyentes de Cádiz en 1812, el Alcázar se convirtió en la cárcel municipal, anteriormente ubicada en el Mercado de Sánchez Peña de la plaza de la Corredera. Esta transición implicó una remodelación en 1820, realizada por el arquitecto municipal Pedro de Lara, que incluyó el cegamiento de los arcos del patio Mudéjar para habilitar nuevos calabozos. En 1931, durante la Segunda República Española, fue declarado Monumento Histórico y se utilizó como cuartel militar. Sin embargo, después de la Guerra Civil Española, albergó a numerosos prisioneros del bando republicano, lo que llevó al Régimen franquista a construir la cárcel de Fátima en 1941 y a destinar el Alcázar a funciones administrativas militares.
