La historia y la arquitectura de esta ermita están marcadas por su propósito conmemorativo y religioso. Fundada por don José Diego Gutiérrez de los Ríos, su objetivo fue recordar la aparición en el siglo XIV cerca de Santa Marina de Aguas Santas, evento ya honrado por la Cruz de los Desamparados, y para rendir culto a la Santa Cruz y al Santísimo Cristo de la Expiración.
Durante siglos, desde este lugar partía la procesión en honor a la patrona, incluso se especula que Francisco de Goya inmortalizó este momento en su obra "Procesión de Aldea" de 1787.
La estructura de la ermita cuenta con tres naves separadas por arcos, siendo la central la más amplia. En los laterales se encuentran pequeños altares dedicados a Santa Gema de Galgani y a San Isidro Labrador. En el altar central, se venera la imagen del Cristo de la Humildad y María Santísima del Tránsito, ambas anónimas del siglo XVIII. Una espadaña con una campana marca el ritmo del día, tocando a las 9 de la mañana y a las 9 de la noche.
La ermita alberga las imágenes de San Isidro y de la copatrona de Fernán Núñez, María Santísima del Tránsito, siendo sede de una misa especial el primer miércoles de cada mes. Sin embargo, su apariencia actual es el resultado de una restauración realizada en los años 70 tras un incendio y un colapso parcial, y una más reciente que modificó significativamente su aspecto y el entorno, provocando una pérdida de su armonía original.
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